上海市水务(海洋)规划设计研究院的前身是1977年成立的上海市农田基本建设规划组，1980年随市水利局成立设立规划室，2001年根据市机构编委批复，更名为上海市水务规划设计研究院，2009年增挂上海市海洋规划设计研究院牌子，隶属于上海市水务局(上海市海洋局)，具有城市规划、工程咨询、防汛影响论证和建设项目水资源论证等资质的事业单位。
    上海市水务(海洋)规划设计研究院主要职责：一是负责编制本市水务、海洋专业规划；二是负责本市水务、海洋专业规划、项目前期论证的技术协调，协同有关部门负责各类规划的综合平衡；三是负责本市水务、海洋基础性、前瞻性科研项目的研究和新技术的引进、开发及应用；四是负责编制河道蓝线方案、论证河道蓝线调整可行性以及划示市管河道和中心城区河道蓝线；五是受市局科技委委托，负责管理水务、海洋前期项目的咨询评估工作。
    目前，院事业编制50名，内设总工程师室、办公室、河道蓝线受理室及水利、供排水、海洋规划设计所和水务规划研究中心与局科技委咨询评估中心等8个部门。下设企业1个，即碧波水资源综合技术服务部。全院现有职工79名，拥有大学本科以上学历占70%，其中博士4名，硕士23名；高级工程师以上职称24名；国家注册咨询工程师13名；上海市领军人才1名，水利部5151人才工程部级人选1名。