1982年3月，深圳经济特区从各大设计院调入了近百名工程师，组建了深圳市建筑设计院。1985年10月，在原深圳市建筑设计院四室、五室和部分三室的基础上，组建了"深圳市建筑设计二院"，是具有独立资质的国家甲级设计单位，这就是本院的前身。1992年5月，深圳市建筑设计总院成立，本院更名为"深圳市建筑设计总院第二设计院"，仍是独立资质的国家甲级设计院。1999年8月，总院将下属三个院的资质合并为"深圳市建筑设计研究总院"，本院作为总院属下的独立核算单位。
    本院主要从事民用与工业建筑设计。现有在职人员500人左右，有一级注册建筑师 35 名，一级注册结构工程师 25名，注册设备师10名。建院以来，完成了大量的设计项目，业绩遍及各地七十多个城市，获部、省、市级优秀设计奖及国家发明专利数项。1997 年，本院通过 ISO9001:1994 质量体系认证，是首批通过认证的设计单位之一。