云南省环境科学研究院前身云南省环境科学研究所，成立于1976年11月，是云南省环境保护厅直属的综合性环境科学研究机构。
    主要职责：开展环境保护科学技术的研究、应用与推广，促进环境保护科学技术的进步。为政府环境监督与环境管理提供技术支撑，为保护生态环境提供技术保障，为重大建设项目提供决策依据，为社会环保科技需求提供技术服务。
    业务范围：重大环境保护规划、区域行业环境规划的研究与编制；高原湖泊、河流及湿地保护研究、水污染防治及相关基础科学研究；生态环境保护及相关技术研究；水土保持方案编制；珍稀濒危植物的保护、引种、繁育技术研究及示范推广；应对气候变化，发展低碳经济、循环经济、环境政策研究；建设项目、区域开发和规划的环境影响评价；建设项目竣工环境保护验收及监测；清洁生产技术的审核及研究，环境管理体系、环境标志产品的认证及咨询；固体废弃物及危险废弃物处置技术研究；环境分析测试、环境空间信息分析及数字环境研究；土壤环境污染修复技术及土地资源开发利用与综合管理技术研究；环境工程设计、施工及环保实用技术的开发和推广应用；施工期环境工程监理及全省污染源在线监控设施的运维管理。
    一、历史沿革
1975年5月，云南省环境保护办公室根据国务院关于建立地方性环境保护研究机构，以担负起本地区、本部门、本行业的环境科研任务的指示和精神，报请云南省革命委员会成立云南省环境保护科学研究所，1976年6月成立了“云南省环境科学研究所筹建处”，负责筹划建立云南省环境科学研究所事宜。1976年11月，云南省革命委员会正式批准建立云南省环境保护科学研究所，隶属云南省革命委员会环境保护办公室领导。
经过5年的努力，初步完成基本建设工作。建成了科研办公楼5122m2，住宅6幢4200m2、食堂145m2、车库180m2，并购置了部分仪器设备，为开展科研工作创造了基本的工作条件和生活条件。1981年10月15日，云南省环保局批准撤消“筹建处”，正式成立云南省环境科学研究所。2004年4月经云南省机构编制委员会办公室批准，更名为云南省环境科学研究院。
    二、机构设置
多年来，云南省环境科学研究院根据国家及本省环境科技需求以及自身发展需要不断调整内部结构，构建起一个较为完善的环境科学研究体系。内部机构设有高原湖泊保护研究中心、生态环境保护研究中心、环境影响评价中心、环境工程技术中心、环境规划与管理研究中心、环境分析测试中心、危险废物处置技术研究中心、环境监理审核中心等8个业务部门；设有党委办公室、院办公室、科研管理室、财务科、后勤科等5个管理部门；设有《环境科学导刊》编辑部，编辑出版云南省的环境科学学术刊物，面向发行。经科技厅批准，正在筹建云南省高原湖泊流域污染过程与管理重点实验室、云南省重金属污染控制工程技术研究中心。
    三、队伍建设
云南省环境科学研究院现有职工155人，其中正高级工程师15人，副高级工程师62人，工程师33人。具有博士学位人员8人，具有硕士学位人员30人。取得国家注册环评工程师资质人员24人，取得国家注册咨询工程师资质人员9人，取得国家注册环保工程师资质人员4人。享受国务院政府特殊津贴津贴专家1人，享受云南省政府特殊津贴专家7人，云南省有突出贡献的优秀技术人才获得者8人，云南省中青年学术技术带头人后备人才1人。
    四、科研能力
云南省环境科学研究院现占地26.5亩，拥有6000多平方米的综合科研大楼，建设了具有国内先进水平的遥感、地理信息、全球定位（3S）系统和计算机辅助设计系统，建立了较为完善的信息服务网络。拥有一批国内外先进的环境科研仪器设备。取得国家环保部颁发的环境影响评价甲级资质证书，国家发改委颁发的工程咨询甲级资质证书，住建部颁发的环境污染治理工程设计甲级证书，云南省水利厅颁发的水土保持方案编制乙级资质证书，云南省质量技术监督局颁发的计量认证资质证书。
    五、科研成果
自1977年起，云南省环境科学研究院紧紧围绕本省环境科技需求和重大环境问题，积极开展环境科学研究工作。1977年—1980年完成科研项目8项；1981年—1985年完成52项；1986年-1990年完成180项；1991年—1995年完成205项；1996年—2000年完成458项；2001年—2005年完成564项；2005年—2010年完成1086项；2011年—现在，完成633项。建院以来，累计完成各类环境科技项目3000余项。其中包括国家科技攻关项目、国家重点科技项目、国家“863项目”、国家“973项目”、国家水体污染控制与治理重大专项、云南省重大科技项目以及国际合作项目等，先后获得科技进步奖4项、省部级科技进步奖65项，国家专利授权15项。共发表论文800余篇、出版专著60余本。
    “十一五”以来，云南省环境科学研究院承担了多项重大科技项目，已完成的有：国家973项目《湖泊富营养化过程与蓝藻水华形成机理研究》项目中的子课题《湖泊流域复合生态系统管理原理和模型研究》；国家863项目《滇池入湖河流水环境治理技术与工程示范》中的子课题《雨污联合调控与强化处理技术研究与工程示范》、《河道水质净化强化技术研究与工程示范》、《受纳湖湾污染负荷有效削减和生态系统重建技术研究与工程示范》；国家重大水专项滇池项目《城市型污染河流入湖负荷削减及水环境改善技术与工程示范》。在研的国家重大水专项包括滇池水专项的十个课题和2个子课题、洱海水专项的1个子课题。此外，云南省环科院每年承担数十项来自省政府、省环保厅、省科技厅、省发改委、省工信委以及各相关地州的重大环境规划和环境研究项目，为政府环境决策和环境管理提供有力的技术支持。在开展重大、重点科技项目的同时，每年还承担大量环保科技咨询服务项目，并不断提高环境科技咨询服务的质量与水平，努力为云南省社会各界提供优质的环境科技服务。
    作为云南省的综合性环境保护科研机构，云南省环境科学研究院在以湖泊为主的水污染防治、生态环境保护、重金属污染防治、环境规划、低碳发展研究等相关领域处于省内地位和国内先进水平。