1957年 昭通专署农林水利科下设专区水利工作队。
    1975年 成立云南省昭通地区革命委员会水利局，将水利工作队纳入水利局机关，统编为勘测设计科、农田水利科等六科一室。
    1979年 1月 成立昭通地区水利局，水利勘测设计科分出，成立昭通地区水利勘测设计队。
    1985年 《昭通地区水资源调查评价与水利化区划》获省农委“农业区划”一等奖。
    1986年 改全额预算为差额预算单位。
    1990年8月 更名为昭通地区水利水电勘测设计院，获勘察、设计丙级资质。
    2001年9月 更名为昭通市水利水电勘测设计院。
    2004年6日 获水利行业（水库枢纽）乙级资质。
    2008年8月 获水资源论证乙级资质及水文、水资源调查评价乙级资质。
    2010年7月 更名为昭通市水利水电勘测设计研究院；8月，获工程勘察类（水文地质勘察、岩土工程）乙级资质、电力行业专业乙级资质。
    2011年6月 机构规格由正科级调整为副处级；8月，获工程咨询丙级资质。
    2012年4月 通过ISO9001质量体系认证。
    2012年7月 事业编制由75名增加至105名；8月，获水利行业引调水、灌溉排涝、河道整治专业乙级资质。