阜南县水利局始建于1950年8月，初为县政府建设科，1956年6月成立农水科。1958年夏农水科改为农水局，1959年更名为水利电力局。1980年水利、供电分家，成立阜南水利局至今。

设4个内设机构：办公室、水政水资源股（县节约用水办公室）、水利工程建设与管理股、水利规划与计划股。

全局下设人事、秘书、财务、审计、工程、水政、工管七个职能股，下属淮河河道管理局、规划勘测设计院、水利建筑安装公司、防汛抗旱办公室、水利物资器材库、中心机灌站、抗旱服务队、防汛抢险队、水政监察大队及王家坝闸管所、上堵口站管理所、曹台闸管理所十三个二级机构，现有干部职工408人。

阜南县水利局机关行政编制为12名。其中：局长1名、副局长3名、防汛办主任（副科级）1名、局党组纪检组长（副科级）1名；正股级领导职数5名（含防汛办副主任1名）。机关工勤人员编制1名。